刘知几是唐代著名的史学批评家，他所撰写的《史通》第一次全面系统地考察了中国史学的产生、发展的历程，对后来的史学批评有非常巨大的影响。而《史记》则是中国来历史上最为重要的史书著作，对后世产生了极大影响。但是，刘知几对《史记》进行评价时，虽有赞誉，但也多有批评。他在什么地方对《史记》颇有微词呢，本篇文章将会对这一问题进行探讨。
首先，刘知几指出《史记》缺少道德评价，《史记》“其所书之事也，皆言罕褒讳，事无黜陟，故马迁所谓整齐故事耳，安得比于《春秋》哉！”刘知几认为史学著作对历史事件的记述只是一种手段，更重要的是其中要渗透作者的价值评判，要使史学作品成为社会的价值尺度。刘知几心目中最高的史学典范是《春秋》，最低档次的史学著作便是“整齐故事”，即只能叙述史事，言外之意《史记》就属于这个层次。
第二，刘知几认为史学的最高典范应该达到这样一种境界，既以好善为主，又能以嫉恶为次，并且又有文饰。符合这一要求的，只有《左传》，而《史记》仅仅达到其中的一个方面。
其三，更为大量的是对《史记》体裁和体例的批评。《史通》一书的主要内容和最大特色是对史书体例和体裁的研究，第一次全面系统地对我国历史编纂学进行了总结，从编纂学的角度对《史记》提出了批评。
首先，他对《史记》所创立的通史体例提出批评。“寻《史记》疆域辽阔，年月遐长，而分以纪传，散以书表。每论家国一政，而胡、越相悬；君臣一时，而参、商是隔。此其为体之失也。兼其所载，多聚旧记，时采杂言，故使览之者事罕异闻，而语饶重出。此撰录之凡也。况通史以降，芜累尤深，遂使学者宁习本书，而怠窥新录。且撰次无几，而残缺多，可谓劳而无功，述者所宜深诫也。”刘知几指出《史记》体例的缺点是分散，这个分散有两个层次的含义，一是指论述同一件事，却分散在不同的篇目之中；二是指在时间上，同一时间的事情，却被分割在不同的传记之中。
刘知几还指出，《史记》体例失误的另一点是，记载重复，烦琐冗杂。并且指出这一失误给后来的史学编纂带来极为深刻的不良影响，使得以后的通史著作“芜累尤深”，因之学者们竟然连“新录”都怠惰于去浏览，而宁愿学习“本书”，为此而告诫后来撰述者，一定要以《史记》为教训。《史通·编次》在将《史记》与《尚书》、《春秋》加以比较之后，指出《史记》的纪传体造成了许多混乱：“昔《尚书》记言，《春秋》记事，以日月为远近，年世为前后，用使阅之者雁行鱼贯，皎然可寻。至马迁始错综成篇，区分类聚。班固踵武，仍加祖述。于其间则有同体不一，名目相违，朱紫以之混淆，冠履于焉颠倒，盖可得而言者矣”。
其次，批评《史记》体例不全，因而导致有重要疏漏。谓司马迁、班固列君臣于纪传，统遗逸于表志，虽篇名甚广而言无独录。谓凡为史者，宜于表志之外，更立一书。若人主之制册、诰令，群臣之章表、移檄，收之纪传，悉入书部，题为“制册”、“章表书”，以类区别。又提出，人物纪传中所收存的诗歌词赋和散文，应该分割出去，同样归入书部。
再次，对“太史公曰”的批评。指出，史书中“每有发论”，各有其称名，“其名万殊，其义一揆”，“夫论者所以辨疑惑，释凝滞”，意思就是说，纪传体中的论赞均是有为而发，“若愚智共了，固无俟商榷”。批评“司马迁始限以篇终，各书一论。必理有非要，则强生其文，史论之烦，实萌于此。”论赞自《左传》“君子曰”始，刘知几认为《左传》中的“君子曰”是典范，它位置灵活，而且所说的都是非常必要的话，这便是论赞的价值。而《史记》违反了这些，其一，把论赞的位置固定化了，因之失去了生命力；其二，有没有话说，都要立一篇论赞，有“强生其文”之嫌，并且为后代开了一个坏头，是这一现象的起点。