有关孔子杀少正卯的记载，最早出现于《荀子》。根据《论衡·讲瑞》来看，少正卯是个能言善辩，很会教书的人，他跟孔子一样开办私学，抢孔子的生意。
两人的竞争非常激烈，孔子门下的所有弟子，除了颜回，全部被少正卯的讲学吸引，多次离开孔子之门。本来是学术之争，不应该牵涉到人命，但是孔子仅担任鲁国大司寇七天，就把少正卯杀了。
孔子门下的许多弟子都不理解为什么要杀少正卯，就连他最出色的弟子子贡也觉得困惑。他向孔子询问原因，孔子列举出五条罪状：心逆而险；行僻而坚；言伪而辨；论丑而博；顺非而泽。
这五条罪状没有一条实证，孔子如果真的这样做了，那就是开了以“莫须有”罪杀人的先河。奇怪的是这件事很长一段时间都没有人质疑，直到南宋出现了一位“儒学集大成者”——朱熹。
他对这件事提出质疑，孔子是大圣人，怎么会做这样的事呢？于是人们经过多年的讨论和争辩，形成两种针锋相对的观点。
一，孔子以权谋私，杀了少正卯
支持孔子杀了少正卯是事实的人认为：荀子是儒家学派代表人，《荀子》一书更是他亲自撰写，他怎么会无缘无故地诋毁自己的老师。而且《孔子家语》，《史记》中都有记载这件事，所以孔子以权谋私，杀少正卯就是事实。
二，孔子没有以权谋私，杀少正卯，这件事是编的
反对孔子杀少正卯是事实的人的理由有很多，主要是其一，孔子杀少正卯这件事，在先秦的《论语》，《孟子》，春秋三传，《国语》等书中都没有记载。而《荀子》一书出自战国末年，和孔子相差了百多年，书中故事很可能是后人编造的。
其二，战国时期最喜欢骂孔子的庄子都没说这件事，如果事情是真的，庄子一定会拿出来大做文章。而且孔子一生主张“仁爱”，据《论语》中记载，孔子明确反对“杀无道以证有道”，这件事明显就不符合孔子的中心思想。
其三，古代学者梁玉绳，崔东壁都证明这个故事的逻辑，时间，还有《荀子·宥坐篇》的真假都有问题，《荀子·宥坐篇》很有可能是法家弟子写的。
其四，孔子官不够大，“下大夫之司寇﹐不能擅杀卿位之少正”。孔子可能是在皇室的支持下，处死了有乱政可能的大夫。所以孔子杀少正卯不是以权谋私。
几千年以来，孔子是否杀了少正卯一直没有定论，双方各执一词，目前来看反对的人理由更加充分，但是也都是推测，不能完全驳倒那些支持的人。
孔子到底有没有杀少正卯呢？这件事谁也说不准。毕竟历史就是这样，真真假假，假假真真，看问题有自己的主见就好，不需要强加自己的观点到别人身上。