孔子周游列国十四年，直到鲁哀公十一年（公元前年），六十八岁的孔子在其弟子冉求的努力下，季康子派人以币迎孔子归鲁国。
回到鲁国第二年，孔子的儿子孔鲤死去。年近古稀的孔子虽仍有从政之心，但仍是被敬而不用。季康子欲施行田赋，孔子反对。于是孔子便放弃从政的心思，专心从事教育及整理文献工作。
孔子论述《书》的大意，编排上起于唐尧虞舜时期，下至于秦缪公在位期间的历史。将三千首古《诗》删定成三百零五首。
孔子晚年喜欢研读《周易》，勤奋所至，连编联竹简的皮条都磨断了好几次。还编订了《礼记》一书。
在以后的日子里，孔子修《诗》《书》《礼》《乐》，序《周易》，并依据鲁国的史书撰写《春秋》一书。后人合称之为《六经》。
《春秋》起于鲁隐公元年，止于鲁哀公十四年，记叙了由周平王到周敬王在位期间的十四位君王，一共二百四十二年的历史。直到鲁国捉获麒麟以后，孔子便突然搁笔不写了。
公元前年，鲁哀公十四年春季，孔子七十一岁。鲁哀公在西部的大野打猎，叔孙氏的车夫子商捉到一匹麒麟，左足已经受伤。叔孙氏看到这匹麒麟长得像一匹獐子，头上却生着双角，认为不是吉祥之物，便将麒麟赏赐给虞人。
孔子看过以后说：“麒麟啊，你为什么要在世上出现？”他用衣袖掩面哭泣，眼泪沾湿了袍子。又说：“麒麟出世，却死去了，我奉行的主张无法实现了。”
子贡问道：“先生您为什么哭泣呢？”孔子说：“麒麟的出现，是圣君将现的喜瑞。可是它出来的不是时候并且受到伤害，我因此而伤心。”
在孔子的意识里，麒麟是灵兽瑞兽，它的出现又死去，不是好征兆，恐怕国家将亡，自己的生命也到头了。据《东周列国志》记述，七十一岁的孔子埋葬麒麟之后感情难以控制，作《获麟歌》一首，并抚琴悲歌：“唐虞世兮麟凤游。今非其时来何求。麟兮麟兮我心忧。”《春秋》一书亦至此戛然而止。
此事在《公羊传》、《左传》和《史记》中都有记载。
孔子看到麒麟之死为什么悲哭而歌，且突然停止了《春秋》的撰写？除了上述原因之外，恐怕还与孔子的出生有关。
据《拾遗记》所载，孔子母亲颜徵在祈求生一个儿子，便在尼丘山上祷告。徵在上山的时候，草木的叶片都向上竖起。及至祷告完毕下山的时候，草木的叶片都垂了下来。
当天夜里，徵在梦见黑帝召见她，告诉她说：“你会有一个圣子的。”徵在醒来，便怀了身孕。在周灵王二十一年庚戌十月庚子，即夏历八月二十七日，徵在在鲁国昌平乡生了孔子。
在孔子诞生前，有一匹麒麟在阙里吐出玉书，玉书上写着：“水精的儿子，将继承衰落的周室而成为素王。”颜氏感到奇怪，将一条丝带系在麒麟的角上，麒麟连宿两夜而去，徵在怀孕十一个月而生孔子。
在孔子诞生的时辰里，有两条龙环绕着房屋盘旋，有五星之精降临在庭院之中。颜氏在房中听到上天的音乐，听见天空中有一个声音说：“上天降生圣子！”
麒麟虽然是传说中的一种瑞兽，但司马迁在《史记》中并没有否定它的存在。看来孔子真的和麒麟有着一种不解之缘。
公元前年4月11日，孔子与世长辞，享年七十三岁。那一年是鲁哀公十六年壬戌四月乙丑日，即夏历的二月十八日。
去世前七天，孔子早晨起来，背着手，拖着拐杖，在门前安闲自得地漫步，他唱道：“泰山崩塌了，梁柱朽坏了，哲人就这样凋谢了！”歌罢，他走进大门，在门前坐下。
子贡听到歌声便说：“泰山崩塌，我还有什么可以敬仰的？梁柱朽坏，哲人凋谢，还有谁人令我效法？大约先生将要生病了。”他便快步走进门来。
孔子说：“子贡啊，在前些天的夜间，我梦见自己坐在厅堂的两根前柱之间受人祭奠，这是殷朝的礼仪啊，而我正好便是殷朝的后人。英明的君王尚未兴起，天下有谁会取法于我？恐怕我快要死去了。”卧病七天之后，孔子便去世了。
鲁哀公写了一篇诔哀悼孔子说：“上天太狠心了，竟不肯留下这位老人。使我一个人留在君位上，孤苦伶仃，深感内疚。唉，令我悲哀不已的尼父啊，你也不用再拘束自己了！”
子贡说：“鲁君恐怕不能死在鲁国了吧！凡失去礼节就会秩序混乱，失去名分就会产生过失。鲁君不能够在孔子生前加以任用，却在孔子死后作诗文表示哀悼，这是不合乎礼仪的。以诸侯的身份而自称‘余一人’，这是不合乎名分的。鲁君在礼仪与名分这两方面全都有失检点。”
五月，孔子被安葬在鲁国都城北面的泗水岸边，弟子虽然不穿丧服，却都以内心的哀悼为孔子服丧三年，然后便离去了。只有子赣在孔子的坟墓旁边搭起茅庐，一直住了六年。
后来，在孔子的坟墓旁边安家的鲁国人有越来越多，此处也因之被称作孔里。
参考资料：《史记》《孔子家语》《拾遗记》